در واقع هر شخص پژوهشگری دارای پیش فرض و پیش فهم و دانسته های پیشین است، اما برای آن که به حقیقت دست یابد، باید به دو گونه پیش فرض توجه شود.
الف- پیش فرض استفهامی: این پیش فرض ها زمینه ساز طرح پرسش از متن هستند، ولی پرسشی را بر متن تحمیل نمی کنند. در هر مسئله ای ، دانسته هایی وجود داشته که موجب طرح پرسش برای فهم جدید می شود. این پیش فرض ها اشکال ندارد.
ب- پیش فرض های تطبیقی: در این مدل، پژوهشگر از ابتدا به دنبال تطبیق و به دنبال تحمیل معنا بر متن است و می خواهد امیال شخصی خویش را دخالت دهد. این پژوهش، جهت دار و غیر اخلاقی خواهد بود.
طرح پرسش: چه کنیم تا در دام تطبیق در پژوهش گرفتار نشویم؟
چه کنیم تا خواسته های شخصی در پژوهش نباشد؟ به تعبیری دیگر چرا دو نفر با وجود پیش فرش یکسان به پژوهش های متفاوت از یکدیگر دست می یابند؟
خلاصه ای از پاسخ استاد معظم ، علامه جوادی آملی:(البته پاسخ ایشان بر اساس پژوهش در متن مقدس قرآن است)
۱.پژوهشگر ، پیش فهم هایی دارد.
۲. با این پیش فرض ها ، ورود به متن پیدا می کند.
۳. از متن و منبع تحقیقی طرح پرسش می کند.
۴. سکوت پژوهشگر و رهاساختن افکار خویش: از آنجا که قرآن بلیغ و روشن و ناطق است، پژوهشگر پس از طرح پرسش در اینجا باید سکوت کند و افکار خویش را رها سازد و در برابر پرسشی که مطرح نموده، اکنون فقط گوش بدهد تا پاسخ دریافت نماید.
۵. دریافت پاسخ
۶. باز اگر پرسش جدیدی برایش رخ داد ، پرسش را مطرح می کند و بدون موضع گیری و دخالت دادن امیال شخصی به دریافت پاسخ می پردازد و بدین ترتیب، پژوهش او، پژهشی اخلاقی خواهد بود.
۷. اما اگر پژوهشگر پس از طرح پرسش، سکوت نکند و به جای گوش دادن، خودش پاسخ سوال خویش را بدهد، تمایلات نفسانی اش را دخالت داده و تحقیق او جهت دار و ضد اخلاقی است.(مثل زمانی که ما از دوستمان سوال می پرسیم و به جای آن که او پاسخ دهد، خودمان پاسخ دهیم. این کار ضد اخلاقی است.)